Lappeenrannan kaupunkimetsissä on paljon tärkeitä luontoarvoja. Metsäalueet ovat olleet vuosikymmeniä taajamametsänhoidon piirissä, joka on luonteeltaan kevyttä ja peitteisyyttä vaalivaa. Tämän seurauksena kaupunkimetsät ovat ympäröivää maalaisukntaa keskimäärin vanhempaa ja järeämpää. Taajamassa on myös inventoitu arvokkaita luontokohteita ja rajattu niiden käsittelyä.

Kaupunkimetsien hoidossa nämä kohteet otetaan huomioon eri tavoin. Tärkeimmät kohteet on rajattu kunnossapitoluokituksen suojelualueluokkaan ja siten hoidon ulkopuolelle. Tämä sisältää luonnonsuojelulailla suojeltuja kohteita, metsälain tärkeitä elinympäristöjä, sertifioinnin arvokkaita ympäristöjä, kaavan suojelu- ja luo-alueita. Lisäksi suojelualueluokassa on muita arvokkaita elinympäristöjä, jotka jätetään käsittelyn ulkopuolelle. Näitä alueita on 7% kaupungin metsien pinta-alasta.

Metsien hoidon yhteydessä jätetään käsittelemättömiä laikkuja ja viheryhteyksiä. Lahopuuta pyritään säästämään silloin kun se on esim. turvallisuuden näkökulmasta mahdollista. Tärkeitä kasvilajiesiintymiä merkitään ennakkoon ja niiden ympärille jätetään riittävät suojavyöhykkeet. Ojitusta ja maanomuokkausta pyritään välttämään. Tämä on myös ilmastonmuutoksen hillinnän näkökulmasta tärkeää. 

Kaupungin omistuksessa on viisi luonnonsuojelualuetta: 

1. Pappilanniemi

2. Mäntylänniemen luonnonsuojelualue

3. Hämmäauteensuo

4. Uus-Lavolan luonnonsuojelualue

5. Vipelen luonnonsuojelualue

Lappeenrannan kaupunki valmistelee luonnon monimuotoisuusohjelmaa, jonka myötä monimuotoisuuden vaaliminen otetaan entistä paremmin huomioon. Lumo-ohjelman päivitystä seuraa metsäohjelman päivitys, jonka yhteydessä päivitetään kaupungin metsänhoidon periaatteet. Monimuotoisuus vaikuttaa periaatteisiin keskeisesti.